M a n s K i B e i B s k i

Saturday, January 24, 2009

barcode system for DNA

ada sistem baru di dunia tools DNA dan bioinformatics tentunya, yaitu barcode system. sistem ini aq tau pas ada lowongan di London Sumatra, dimana kriteria pelamarnya tau dengan sistem barcode. lah, aq jadi bingung, apa hubungannya barcode dengan bioinformatik? trus tak browsing aja pake om Google, ternyata emang ada tools buat sistem barcode. waaahh, kok baru tau nih, padahal, menurut yang ada di jurnal, baru ditemuin sekitar taun 2005. yaah, lumayan baru lah yaa buat dunia bioinformatik. trus tak pelajari dikit2, ternyata sangat2 bagus toolsnya. aq jadi inget dgn bu Risna, dia pernah bilang,"des, ada gak sistem or tools yang buat nampung semua data2 yang berkaitan dgn informasi or hasil penelitian DNA..". kayaknya sih belum ada, paling2 via online, di NCBI or DDBJ. eh, ternyata dah ada yang nyiptain bu, hehehe...

singkatnya, barcode system ini berfungsi sebagai tools identifikasi yang bisa menyimpan semua data makhluk hidup di dunia ini, yang dikemas dalam satu chip. yaa sama halnya kayak barcode pada barang2 kemasan, penampakannya bisa diliat di belakang kemasan, berupa garis vertikal, ada yang halus dan tebal, dibawahnya ada nomer kodenya, dimana kodenya sesuai standar internasional untuk penamaan jenis barang. nah diperkirakan barcode system buat identifikasinya yaa seperti itu. tiap identifikasi makhluk hidup ini ada kode khususnya, tentunya juga berlaku untuk seluruh dunia. yaa sama lah kayak bapak Linneus dalam pemberian nama spesies.

tools ini berisi data2 seperti DNA, asam amino, gen, genome, ekologi, anatomi, taksonomi, fisiologi, penyebaran, manfaat, foto dan phylogeninya. pokoknya super lengkap dah. tools ini akan sangat berguna kalo dipake untuk survey biodiversity spesies yang belum tau identitasnya alias belum pernah diidentifikasi. yaaa bisa dikatakan barcode system ini menjembatani bioinformatik tradisional, hehehehe...chips ini memuat 600-800 bp sekuen DNA setiap spesies yang sudah teridentifikasi.

jadi cara pakenya, hasil isolasi DNA (bisa dari mitokondria) dari spesies tertentu, trus diambil beberapa ml, trus dimasuki ke alat yang bisa men'scan' larutan tadi. tentu saja tersambung dengan komputer, semua data yang ada di larutan tadi akan keluar. kalo yang ditemukan itu spesies baru, data yang keluar tidak akan selengkap dengan spesies yang memiliki data lengkap. kalo dah gini, spesies yang unknown tadi bisa segera diidentifikasi.

butuh waktu banyak pastinya untuk membuat mini-library kayak gini, apalagi buat kolektif data2 dari mikroba, plantae dan animale. pastinya juga akan sangat mempermudah dalam analisis dan dunia rekayasa genetik.

jurnal bisa di unduh di:
http://www.barcodinglife.org/libhtml/docs/bold.pdf
http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2164-9-214.pdf
http://www.pnas.org/content/105/8/2761.full.pdf?ck=nck

Labels: investigasi

by decy at 1:17 PM |